Fin dal 1979 le attività sono organizzate, dirette e gestite dall'Associazione Teatro di Pisa, nata su iniziativa degli Enti Locali del territorio. Nel 2002 l'Associazione è stata trasformata in Fondazione.

Classificato dalla Legge 800 come Teatro di Tradizione, votato quindi ad una prevalente attività di produzione musicale, il Teatro di Pisa ha sviluppato negli anni una propria fisionomia caratterizzata dalla politematicità e dall'interdisciplinarietà.

Le sue attività, infatti, interagiscono con l'obiettivo non solo di soddisfare una domanda quanto mai diversificata ma anche di attrarre nuovi spettatori, stimolare nuove curiosità, creare un pubblico più consapevole, contribuire alla crescita culturale della città. Una strategia, questa, che non può prescindere da rapporti con le altre realtà del territorio e non solo: è dunque ad una dinamica politica di rete che il Teatro di Pisa guarda con favore.

Vanno in questa direzione i legami stretti ormai da tempo con il Teatro Goldoni di Livorno e il Teatro del Giglio di Lucca per la produzione lirica; le convenzioni di residenza con AuserMusici e con  Imperfect Dancers;  i rapporti con importanti realtà teatrali cittadine come Sant'Andrea Teatro/Compagnia Sacchi di Sabbia; la pluriennale collaborazione con la Scuola Normale Superiore per la sua Stagione concertistica.

Il Teatro di Pisa svolge infine una funzione di servizio ospitando convegni, iniziative culturali e di spettacolo, presentazioni di libri, appuntamenti promossi da Enti locali, associazioni, istituti universitari, banche ed altre realtà cittadine, e mettendo a disposizione del territorio il proprio patrimonio di professionalità e competenza.

L'anno teatrale inizia fra la fine di settembre e il mese di ottobre con la Stagione Lirica, che si intreccia anche progettualmente con le altre Stagioni e che propone ogni anno produzioni e coproduzioni di titoli del grande repertorio, senza dimenticare da un lato il barocco, dall'altro l'opera contemporanea. Una notevole attenzione, poi, viene dedicata ai diversi linguaggi musicali: oltre alla Stagione dei Concerti della Scuola Normale Superiore, non mancano gli appuntamenti con la musica da camera e il jazz.

La Stagione Teatrale, frutto della stretta collaborazione con la Fondazione Toscana Spettacolo onlus, ha un taglio antologico che spazia dalla miglior tradizione alla contemporaneità e al teatro d'autore.

La Stagione di Danza, sulla quale dal 2016/17 la Fondazione Teatro di Pisa ha attivato con la Fondazione Toscana Spettacolo onlus un rapporto di partnership analogo a quello già in atto per la stagione teatrale, si impernia sull'equilibrio fra danza classica, danza contemporanea e teatrodanza.

Dal 2005 il Teatro di Pisa collabora poi con la società LEG Live Emotion Grooup (già NonSolo Spettacolo) ospitando in teatro proposte che spaziano dalla musica leggera al musical al cabaret, per rispondere così a una domanda fortemente presente sul territorio ed avvicinare al Teatro Verdi ulteriori fasce di pubblico.

Una particolare rilevanza è rivestita dal settore della Formazione, strettamente connesso e intrecciato alle altre attività: con LTL Opera Studio (progetto di formazione, specializzazione e perfezionamento per giovani cantanti e maestri collaboratori pensato e gestito dai Teatri di Livorno, Lucca e Pisa); con Fare Teatro, ciclo di lezioni, corsi di aggiornamento, seminari, laboratori sulle tematiche teatrali e musicali rivolti a studenti e insegnanti, organizzati di concerto con gli stessi Istituti scolastici, cui si affiancano una serie di corsi e seminari per studenti universitari e per adulti; con Prima del Teatro-Scuola Europea per l'Arte dell'Attore (diretta dal Teatro di Pisa, Prima del Teatro è riconosciuta a livello internazionale come luogo del perfezionamento, dello scambio e dell'approfondimento per attori, diplomandi e diplomati delle principali Scuole teatrali italiane ed europee, ed anche per docenti, operatori, studiosi. Cresce, fra l'altro, di anno in anno il novero delle Scuole europee che vi partecipano attivamente).

Albo dei Presidenti

Associazione Teatro di Pisa
dal 1979 al 1983 Paolo Donati
dal 1983 al 1988 Eros Carloppi (con una interruzione nel 1985, presidente Oriano Ripoli, sindaco di Pisa)
dal 1988 al 1990 Giacomino Granchi, sindaco di Pisa
1990 Achille Lenge, commissario prefettizio
dal 1990 al 1991 Sergio Cortopassi, sindaco di Pisa
dal 1991 al 1995 Maria Paola Ciccone
dal 1995 al 2008 Ilario Luperini (nel 2000 l'Associazione viene trasformata in Fondazione)

Fondazione Teatro di Pisa
fino al 2008 Ilario Luperini
dal 2008 al 2011 Sergio Cortopassi
dal 2011 al 2018 Giuseppe Toscano
dal 2018 Patrizia Paoletti Tangheroni